До монашества преподобного звали Чернь, и был он богатым купцом в Торопце. Решив уйти из мира, он раздал имущество нуждающимся и монастырям и пришёл в Киев, в пещеру к преподобному Антонию. Тот принял его, постриг и дал имя Исаакий.

Подвиг новый инок выбрал самый суровый. Он затворился в тесной пещерке размером в четыре локтя и не выходил оттуда семь лет. Никогда не ложился, спал сидя и понемногу; с вечера до полуночи клал поклоны и пел псалмы. Поверх власяницы он натянул сырую козью шкуру, и она засохла прямо на нём. Ел он через день одну просфору, воду пил скупо; пищу приносил преподобный Антоний и подавал в оконце, куда проходила только рука.

Однажды ночью, когда свеча погасла, пещеру залил свет, будто солнечный, и вошли двое сияющих юношей. Они назвались Ангелами и сказали, что к затворнику идёт Христос. Исаакий не оградил себя крестом и поклонился до земли — а это были бесы. Поднялся крик, келью заполнила нечисть, они схватили его и заставили плясать под дудки и гусли, пока он не свалился едва живым. Наутро Антоний не дождался ответа из оконца; братия открыла вход и вынесла затворника наружу, думая, что он мёртв. Преподобный Феодосий сказал прямо: всё это случилось от бесовского действия.

Два года Исаакий лежал без движения, не мог ни сесть, ни повернуться, не слышал и не говорил, и всё это время не принимал никакой пищи. Феодосий сам омывал больного и ухаживал за ним, молясь день и ночь. На третье лето он начал говорить и попросил поставить его на ноги. Ходить и есть он учился заново, как ребёнок: хлеб клали перед ним и не давали в руки, пока он сам не начал брать.

После кончины Феодосия он вернулся к подвигу, но уже иначе: сказал искусителю, что больше не запрётся один, а одолеет его среди братии. Он работал на поварне, готовил дрова и воду, первым приходил к утрене и стоял неподвижно, зимой ноги примерзали к камню. Когда повар в шутку велел ему поймать ворона, он поклонился и принёс птицу на виду у всех. Слава ему была не нужна: он стал юродствовать, терпел побои, собирал детей и одевал их в иноческие одежды, за что получал наказания и от игумена, и от родителей. Однажды в старой печи разгорелся огонь, и, не имея чем закрыть щели, он встал на пламя босыми ногами и стоял, пока печь не погасла, — и остался невредим.

Бесов он больше не боялся и на их угрозы отвечал крестным знамением, а последняя брань с ними длилась, по его словам, три года. Заболев в пещере, он был перенесён в монастырь и на восьмой день скончался. Мощи его открыто лежат в Антониевых пещерах лавры, а частицу их в 1711 году игумен Кудина монастыря увёз из Киева в Торопец. Его житие сохранилось в летописи и в Киево-Печерском патерике.