Преподобный Иона Киевский родился в 1802 году в бедной мещанской семье Павла и Пелагеи Мирошниченко из посада Крюкова Полтавской губернии и был назван Иоанном. На хорошее образование денег не было — единственное, чему его выучили, это чтению по Часослову и Псалтири. Зато от природы ему достались светлый ум и крепкая память, и книги, особенно духовные, он читал запоем.

Набожный с малых лет, он постоянно ходил по монастырям и в конце концов поселился послушником у преподобного Серафима в Саровской пустыни. У старца он прожил восемь лет и научился умной молитве — с этого и началась его духовная жизнь. Преподобный Серафим благословил ученика идти в Брянскую Белобережскую пустынь, к ученикам преподобного Паисия Величковского, куда тот и поступил в 1836 году. Через семь лет, в 1843-м, он принял постриг с именем Иона, а ещё через два года был рукоположен во иеродиакона.

Там же ему было особое видение, которое он понял как указание свыше: устроить на берегах Днепра новый монастырь. Он решил перебраться в Киев. В 1851 году митрополит Киевский Филарет перевёл его в Киевский Никольский монастырь, в 1858-м он стал иеромонахом, а с 1860 года жил в Киево-Выдубицкой обители на Зверинце — одной из самых живописных киевских окраин. Уже тогда за советом и наставлением к нему потянулись горожане, многие просились в духовные чада.

Среди них была и супруга киевского генерал-губернатора княгиня Васильчикова, много помогавшая старцу в строительстве. В 1867 году поднялась деревянная Троицкая церковь, а в 1871-м её сменил просторный каменный храм; княгиня пожертвовала обители дачу в пятьдесят пять десятин земли. Монастырь быстро рос: земли покупали и жертвовали, монахи вели образцовое хозяйство. В августе 1872 года отца Иону возвели в сан игумена, а в 1886-м — в архимандрита с назначением настоятелем Киево-Межигорского Спасо-Преображенского монастыря. В конце 1899 года по старости и болезни его освободили от управления Свято-Троицкой обителью, оставив лишь настоятелем.

Старцу было уже за сто лет. Последние два года он тяжело болел и с 1901 года не вставал с постели, но почти до самой смерти принимал приходивших. Люди ехали к нему со всей России за советом и благословением. Он скончался мирно 9 января, по новому стилю 22-го, 1902 года; в схиме носил имя Пётр. Преподобных на иконах принято писать в монашеском облачении, со свитком или чётками в руке, а старцев нередко изображают на фоне основанной ими обители.