Будущий преподобномученик появился на свет в 1875 году в тульской деревне Заводские Хутора; в миру его звали Иваном Алексеевичем Дмитриевым. Семья была крестьянская, детей в ней росло пятеро. Грамоте он учился три зимы, ходя на дом к учителю, а летом пас скотину. Двенадцати лет мальчика отдали в ученики к деревенским портным, и ремесло это кормило его потом много лет.

В семнадцать он уехал в Москву работать в портняжной мастерской. Вскоре умерла мать, и юноша взял на своё содержание всю семью — отца, братьев и сестёр. При этом он почти каждый день бывал в церкви и много читал духовных книг, а года через два твёрдо решил уйти в монастырь и выбрал Скит Оптиной пустыни.

В Оптину он приехал в 1903 году. Настоятель, поговорив с ним, увидел серьёзность намерения и принял юношу послушником; первое послушание было по прежнему его ремеслу — портняжное, в Скиту. В ноябре 1911 года преподобный Варсонофий Оптинский постриг его с именем Иоанникий, а в 1914-м скитского пономаря рукоположили во иеродиакона. С 1917 года он был экономом в архиерейском доме у Калужского епископа Феофана, в 1918-м его мобилизовали в тыловое ополчение, а в 1921 году владыка рукоположил его во иеромонаха и отправил служить в Сухиничи под Калугой.

В 1928 году отца Иоанникия возвели в сан игумена и назначили настоятелем Георгиевского монастыря в Мещовске, благословив помогать всем престарелым монахам и монахиням, что жили при обители. Через год монастырь закрыли, устроив на его месте коммуну, а игумена перевели настоятелем городского собора. Насельники разорённой обители расселились по частным квартирам, но собирались у собора и держали прежний устав, — и это не осталось незамеченным.

Осенью 1932 года в Мещовске арестовали девятнадцать человек, среди них одиннадцать монашествующих. Игумена взяли 31 октября и увезли в брянскую тюрьму. На допросе он объяснил, что никакого тайного монастыря при соборе не было, службы шли ежедневно по заботе о вере, а старшим над монашествующими он себя не считал — духовником был, начальником нет. Обвинения он не признал и показаний против других не дал. Весной 1933 года его отправили в ссылку в Северный край на пять лет.

Вернувшись, отец Иоанникий был возведён в сан архимандрита и служил в Николо-Козинском храме Калуги. Осенью 1937 года его арестовали вместе с архиепископом Августином и другими калужскими священниками. 19 ноября тройка НКВД вынесла смертный приговор. Расстреляли архимандрита 23 ноября 1937 года, а тело его легло в общую безвестную могилу.

Новомучеников обычно пишут в облачении их сана — монашеском или священническом, с крестом в руке. Икону берут как именную носящие имя Иоанникий, а также те, кому близка судьба человека, прошедшего от деревенской избы и портняжной иглы до монашеского подвига и мученической кончины.