Священномученик Иоанн Смирнов появился на свет 25 января 1879 года; родным его местом было село Лопасня Серпуховского уезда, под Москвой. Отца, священника Михаила Смирнова, он не застал: тот умер ещё до рождения сына. Чтобы прокормить детей, вдова уехала в Москву к брату-священнику, устроилась просфорницей в Ильинский храм на Воронцовом Поле и вдобавок шила на дому.

В 1899 году Иван окончил Московскую духовную семинарию, в 1901-м был рукоположен во диакона и служил при домовой Вознесенской церкви на Большой Серпуховской улице, а заодно преподавал Закон Божий в московских женских городских училищах. В 1907 году он поступил в Московскую духовную академию, окончил её в 1911-м и тогда же стал священником.

С 1914 по 1918 год он занимал в академии кафедру славистики. Степень магистра богословия отец Иоанн получил в 1918 году за работу о Синайском патерике в древнеславянском переводе; работая над ней, он сделал несколько церковно-исторических открытий и был удостоен Макарьевской премии. После того как в 1919 году академию закрыли, он до 1923 года служил в городе Бутурлиновка Воронежской губернии.

Вернувшись в Москву, с 1923 года он служил в Свято-Духовской церкви на Лазаревском кладбище и с 1925-го был её настоятелем. В один из воскресных дней 1932 года храм внезапно оцепила милиция: настоятелю объявили о закрытии церкви и конфискации имущества. Дальше были Тихвинская церковь в Сущеве, с марта 1935 года — Троицкая на Пятницком кладбище, а с конца того же года Знаменская церковь у Крестовской Заставы. Здесь он и прослужил до ареста 22 ноября 1937 года.

Допросили его в тот же день. Следователь требовал признать участие в контрреволюционной группе и связь с заграницей; отец Иоанн отвечал, что связей за границей не имел, ни в какой группе не состоял и антисоветской агитации не вёл, а знакомство с арестованным прежде сослуживцем не отрицал. 7 декабря тройка НКВД приговорила его к расстрелу. Приговор исполнили 10 декабря 1937 года — в день престольного праздника той самой Знаменской церкви, где он служил. Похоронен он в безвестной общей могиле на полигоне Бутово под Москвой.

Священномучеников на иконах принято писать в облачении и с крестом в руке; у тех из них, кто был учёным и преподавателем, в руке нередко изображают книгу.