Преподобный Иоанн подвизался в Лавре преподобного Саввы Освященного — древнем монастыре в пустыне под Иерусалимом. В VIII веке округа то и дело страдала от набегов сарацин: монастырь святого Харитона они разорили дотла, а на Лавру нападали дважды. Иноки могли уйти под защиту иерусалимских стен, но решили не покидать места, где спасались много лет.

Первый удар пришёлся на 13 марта, на исходе Великого поста, за неделю до Вербного воскресенья. Ворвавшись в обитель, нападавшие потребовали выдать ценности. Монахи ответили, что в монастыре нет ничего, кроме скудной еды и ветхой одежды, — и тогда в них стали стрелять из луков. Тринадцать человек были убиты, многие ранены, келлии горели. Церковь тоже собирались поджечь, но вдалеке показалась толпа людей; решив, что это подходит войско из Иерусалима, разбойники поспешно ушли с тем немногим, что успели захватить. Раненым помогал инок Фома, искусный врач.

Через неделю, в Великий Четверг 20 марта, они вернулись — теперь уже большим отрядом. Обитель окружили, чтобы никто не убежал, а оставшихся в живых согнали в церковь и пытали, добиваясь, где спрятаны сокровища. Тогда и схватили Иоанна — совсем ещё молодого монаха, на котором лежала забота о странниках. Его жестоко мучили, перерезали сухожилия на руках и ногах и стащили за ноги по камням с горы.

Хранитель церковных сосудов преподобный Сергий успел спрятать утварь и пытался уйти, но был схвачен и обезглавлен. Нескольким инокам удалось укрыться в пещере, однако сверху их заметил дозорный. Преподобный Патрикий тихо сказал братии: пусть сидят молча, он выйдет один и умрёт за всех, — и на вопрос, есть ли в пещере ещё кто-нибудь, ответил, что был там один. Уцелевших монахов заперли в пещере преподобного Саввы внутри монастырской ограды, потребовали огромный выкуп и, не получив его, развели у входа костёр, подбрасывая в него навоз, чтобы люди задохнулись от едкого дыма. Так погибли восемнадцать человек, среди них преподобные Иоанн и Патрикий.

Поздно ночью, уже в Великую Пятницу, укрывшиеся в горах монахи вернулись, перенесли тела убитых отцов в церковь и там их похоронили.

Преподобномучеников на иконах принято писать в монашеском одеянии, с крестом в руке. Память их совершается вместе — Иоанна, Сергия, Патрикия и прочих отцов, убитых в обители святого Саввы.