Житие преподобного Иоанна начинается с его матери. Во время гонений на христиан благочестивая вдова Иулиания скрывалась от преследователей с двумя малолетними детьми — Иоанном и Фимистией. Она постоянно учила их молитвам и чтению Священных Книг, и мальчик, подрастая, стал тайком, с риском для себя, ходить в ближнюю обитель.

Однажды по дороге ему встретился благочестивый человек и посоветовал искать для молитвы место более уединённое. Вернувшись, отрок сказал матери, что идёт к одному доброму человеку; та отпустила его, думая, что он скоро вернётся. Иоанн отправился к пустыннику Фармуфию, взял у него благословение и ушёл в пустыню.

Там он нашёл пустой глубокий колодец, полный змей, скорпионов и прочих гадов. Помолившись, юноша бросился вниз — и остался невредим, чудесно поддержанный Ангелом. Сорок дней он провёл на дне в молитве, сложив руки крестом, без пищи и сна, пока змеи не покинули колодец. Ангел, который приносил хлеб пустыннику Фармуфию, стал приносить хлеб и для него, но не прямо, а через старца, — чтобы юный подвижник не возгордился.

Искушений на его долю выпало много. Бесы принимали облик матери, сестры, родственников и знакомых, по очереди подходили к колодцу и с плачем звали его выйти. Всё это время он не прекращал молитвы, а окончив её, сказал: «Отойдите от меня» — и видения исчезли.

В этом колодце он и прожил до самой кончины, последовавшей в IV веке, не оставляя поста и молитвы. Похоронить его Промыслом Божиим пришёл инок Хрисихий, тридцать лет подвизавшийся в той же пустыне: накануне смерти преподобный после долгих просьб подробно рассказал ему о своей жизни. После его кончины на месте подвигов совершалось множество чудес.

Пустынников на иконах пишут иссохшими от поста, в простом монашеском одеянии; юных подвижников изображают безбородыми. К преподобному Иоанну обращаются, прося веры детям и подросткам и защиты от ночных страхов и навязчивых видений.