Будущий священномученик появился на свет в первый день 1894 года. Родиной его стало местечко Каролен в Верроском уезде Лифляндской губернии; родители, Михаил Яковлевич и Мария Константиновна Петтай, были православными крестьянами-батраками и работали в помещичьем имении. Мальчик окончил Рижское духовное училище и в 1910 году поступил в Рижскую духовную семинарию, но доучиться не смог: началась война.

Когда фронт приблизился к Риге, семинарию эвакуировали в Нижний Новгород. Общежития там не было, студенты снимали углы у частных хозяев, и вся стипендия уходила на жильё. Продолжать учёбу могли только те, кому помогала семья, а у родителей Ивана таких денег не было — весной 1915 года ему пришлось уйти. Осенью он поступил на юридический факультет Юрьевского университета, но и там проучился недолго: армии не хватало офицеров, и в мае 1916 года его, несмотря на отсрочку, забрали юнкером во Владимирское военное училище. Через полгода он вышел прапорщиком на фронт и служил в двух пехотных полках — 245-м и 99-м. Ранение он получил в июле 1917 года; из госпиталя вышел только в декабре и вернулся домой, к родителям.

Мысль о священстве он не оставил. Летом 1918 года он подал прошение епископу Ревельскому Платону (Кульбушу), и 13 октября того же года его рукоположили во иерея — к храму Всех святых, что в селе Пенуя Перновского уезда. Приход был небольшой и объединял православных эстонцев окрестных деревень; храм, построенный в 1875 году, вмещал не больше трёхсот человек. Для священнической практики молодого иерея отправили в соседнюю церковь села Каркси-Нуйя.

В декабре из дома пришло письмо: мать при смерти, отец болен. Отслужив литургию на Рождество Христово, отец Иоанн выехал из Пенуя в городок Валк, чтобы оттуда добраться до родителей. Он приехал к одиннадцати вечера — а город накануне заняли части Красной армии, и действовал комендантский час. Священника арестовали сразу, для выяснения личности.

Личность подтвердилась быстро: Кароленский волостной исполком не только удостоверил, кто он такой, но и охарактеризовал его как защитника интересов рабочих и крестьян. Рабочие имения написали прошение об освобождении, ручаясь за сына своего товарища Михаила Петтая; просила и жена священника, и её прошение исполком поддержал своим ходатайством. 18 января следователь допросил арестованного ещё раз, ничего нового не узнал и предложил держать его под арестом до тех пор, пока в крае не наступит спокойствие. Начальство решило иначе: близость к рабочим и твёрдый выбор священнического пути оказались для новой власти худшей из характеристик. Отца Иоанна Петтая расстреляли 29 января 1919 года; похоронен он на Тартуском кладбище.

Священномучеников на иконах пишут в иерейском облачении, с крестом в руке; узнают образ по надписанию имени. К отцу Иоанну обращаются те, кто прошёл войну и ищет своё место в мирной жизни, и те, кто ждёт решения по чужому произволу.