Иван Бороздин родился в 1878 году в слободе Мстёре Вязниковского уезда Владимирской губернии — в месте, где иконопись была семейным делом. Мастерские там держали целыми родами: Брагины, Клыковы, Кутягины, Бороздины. Мастерскую Бороздиных основал его отец, Пётр Кузьмич, и работали в ней семеро сыновей и пять дочерей; иконы оттуда ценили за искусность письма даже старообрядцы.

Ремесло стало и воспитанием. К шести годам, когда мальчик пошёл в церковноприходскую школу, он уже умел сам готовить краски, грунтовать доски и делать прориси. В одиннадцать лет он поступил в мстёрскую школу иконописания, окончил её в 1894 году и получил звание мастера-иконописца.

Семья была единоверческой, и в 1899 году мстёрское единоверческое братство отправило Ивана в Московское духовное училище при Всехсвятском единоверческом монастыре. Он окончил его с отличием, остался при монастыре псаломщиком, в 1905 году женился и вскоре был рукоположен во диакона к монастырскому храму, где прослужил до закрытия обители в 1921 году.

В 1923 году патриарх Тихон направил его в московский храм бессребреников Космы и Дамиана в Гончарной слободе. К тому времени, когда отца Иоанна поставили настоятелем, храм уже собирались снести. Он писал протесты, собирал подписи прихожан — всё напрасно: в 1930 году церковь закрыли и вскоре разрушили. Тяжело переживая это, священник заболел. Тогда же его назначили настоятелем единоверческого Никольского храма на Рогожском кладбище и возвели в сан протоиерея.

Место было глухое, и, чтобы уберечь храм от грабителей, отец Иоанн поселился прямо при нём — в холодной комнатке на колокольне, где хранились старые иконы, и топил там железную печку. Однажды зимней ночью они с сыном угорели; псаломщика Фёдора и его жену, живших неподалёку, подняло видение, и они успели прийти на помощь.

В Никольском храме он прослужил семь лет и за каждой службой проповедовал: объяснял смысл церковных молитв и звал молиться прилежнее, показывая это на себе. В ночь на 6 сентября 1937 года его арестовали в той самой комнате на колокольне; пришедшие утром сыновья увидели перевёрнутые вещи и кровь на подушке.

На допросах в Бутырской тюрьме он отвечал прямо. Признал, что действительно недоволен действиями власти в церковных делах: храмы закрывают без согласия верующих, священников ссылают и обрекают на вымирание. 26 сентября тройка НКВД приговорила его к расстрелу. Протоиерея Иоанна Бороздина расстреляли 27 сентября 1937 года и погребли в общей безвестной могиле на полигоне Бутово. В августе 2000 года он был причислен к лику святых для общецерковного почитания.