Будущий священномученик родился 12 июля 1884 года в семье священника: его отец, Александр Николаевич Зачатейский, служил в Богородице-Рождественском храме села Чаплыгино Бронницкого уезда Московской губернии. В 1899 году Илья окончил Коломенское духовное училище, поступил в Московскую духовную семинарию и завершил учёбу в 1905 году.

С 1912 года и до самой смерти он служил в одном месте — в Покровском храме села Купелицы Верейского района. Там он встретил 1917 год и стал очевидцем крестьянского восстания против жестокостей новой власти, вспыхнувшего в уезде год спустя.

Как священнослужителя его лишили избирательных прав и обложили большими налогами; в 1929 году он был впервые осуждён за уклонение от уплаты сельскохозяйственного налога. Осенью того же года диакон его храма после литургии всенародно отказался от сана — так он надеялся сохранить право пользоваться церковной землёй, которую сельсовет отобрал и у него, и у священника, и у псаломщика. Итогом стали аресты: взяли отца Илию, сложившего сан диакона и псаломщика Ивана Шувалова. Священника обвинили в том, что он заранее не донёс властям о настроениях диакона. На допросах он никого не оговорил и все обвинения отверг. Особое Совещание приговорило его к шести месяцам тюрьмы, которые он отбыл в Верее и в Бутырской тюрьме, а хозяйство его в том же году раскулачили.

Выживать было тяжело: кроме супруги у отца Илии было шестеро детей, а власти каждый год облагали семью большим налогом. Храм пытались закрыть, в 1935 году сняли колокола, самому священнику запретили ходить по домам верующих с молебнами и требами.

В конце 1930-х годов решили арестовать его окончательно, и для этого допросили лжесвидетелей — людей, знавших его много лет. Ему приписали слова о том, что власть грабит и разоряет храмы, а после колоколов закроет и церкви. 25 ноября 1937 года священника арестовали и заключили в Можайскую тюрьму. На допросе он подтвердил лишь то, что действительно было: ключи от церкви в 1918 году восставшим он отдал, а сказанное о снятии колоколов вырвалось у него от горя и антисоветского смысла не имело. Остальные обвинения отверг и виновным себя не признал.

Тройка НКВД вынесла приговор 29 ноября 1937 года — расстрел. 9 декабря 1937 года священника расстреляли на полигоне Бутово под Москвой и погребли в безвестной общей могиле. К лику святых новомучеников Российских он причислен решением Священного Синода 26 декабря 2001 года.