Благоверный князь Иоанн, в иночестве Игнатий, был сыном угличского князя Андрея Васильевича и княгини Елены. Родился он около 1477 года. Житие, составленное монахом Лонгином вскоре после его кончины, говорит, что мальчик с младенчества был на удивление тих: не любил игр и забав, рано выучился читать Божественное Писание, стоял на всех службах, а ночи проводил в молитве. Мать он потерял в шесть лет, и утешение нашёл в вере. При дворе, среди шума и почестей, он больше походил на инока, чем на княжеского наследника.

Время было неспокойное: между князьями шли усобицы. Великий князь Иоанн III приказал схватить своего брата, угличского князя Андрея, и его сыновей. Иоанну было тогда тринадцать лет, брату Димитрию — двенадцать. Их заковали и увезли в темницу — сначала в Переяславль, затем на Белоозеро, а после смерти отца перевели в Вологду и держали в тяжёлых оковах. Всё их имущество составляла родительская икона Пресвятой Богородицы — единственное благословение и утешение в темнице.

В заточении Иоанн провёл тридцать два года. Он не озлобился: молился днём и ночью, а когда брат впадал в уныние, утешал его, напоминая о терпении святых и о будущем воздаянии тем, кто страдает без вины. Это была, по сути, его единственная радость.

Когда князь занемог и стало ясно, что он умирает, он попросил об одном — постричь его. Позвали игумена Спасо-Прилуцкого монастыря Михаила, и тот, видя веру и изнеможение страдальца, облёк его сразу в схиму с именем Игнатий. Причастившись, князь перекрестился, произнёс слова о предании духа в руки Божии и тихо скончался — сорока пяти лет от роду, тридцать два из которых провёл в темнице.

Прославление началось прежде погребения. Пока гроб медленно несли к соборной церкви, а народ теснился, чтобы прикоснуться к нему, исцелилась расслабленная женщина по имени Александра, не владевшая ни руками, ни ногами. Второе исцеление получил смертельно больной житель Прилуцкого села Михаил, которого поднесли ко гробу. Тело князя-схимника положили в Спасо-Прилуцкой обители, в ногах преподобного Димитрия Прилуцкого.

Потом чудеса продолжились: у могилы прозрела глухая и полуслепая Соломония, исцелился слепнувший Иродион, а женщина по имени Дарья, у которой рука была сухой от рождения, после молебна увидела во сне преподобного Игнатия, взявшего её за руку, — и проснулась здоровой. Летописец жития писал, что от гроба святого, как из неиссякаемого источника, получают помощь все приходящие с верой.