Иаков Бойков родился 8 июня 1896 года в Бежецке Тверской губернии, в семье священника Покровской тюремной церкви Иакова Ивановича Бойкова и его супруги Александры Васильевны. С детства он любил духовные книги, а любимой игрой была «игра в храм»: на чердаке дома мальчик устроил себе библиотеку и «церковь» — повесил иконы и колокольчики и по утрам звонил к службе. Окружающие были уверены, что он станет монахом, и очень удивились, когда он женился.

Бежецкое духовное училище он окончил в 1911 году, Тверскую семинарию — в 1917-м, и в том же году поступил в Московскую духовную академию. Первый курс он окончил, а на втором стало негде жить и не на что покупать еду; он вернулся в Бежецк к сестре. Надежды доучиться не оставлял и даже выслал в академию семестровое сочинение, но продолжить образование ему уже не дали. Он устроился преподавателем в бежецкое реальное училище и через два года был уволен — как сын священника и за то, что не скрывал своих взглядов.

В 1923 году его рукоположили во священника к храму великомученицы Екатерины в селе Закрупье Бежецкого уезда. Потом были два года в селе Кириловское Максатихинского района, а после — Благовещенская церковь в Княжеве недалеко от Бежецка, где он служил до 1938 года. Там, где священника не арестовывали, его облагали заведомо непосильными налогами, вынуждая уйти с прихода. Жена не раз просила мужа оставить служение: живём хуже нищих. Он отвечал коротко — сана не сниму и предателем Церкви не стану.

5 февраля 1938 года секретный осведомитель составил на священника донесение с приписанными ему словами о власти и о выборах. Такие «сведения» тогда не проверяли. Через три дня выписали ордер, и в час ночи с 8 на 9 февраля за ним пришли. Обыск закончился быстро: брать в доме было нечего. Следствие заняло два дня — на всех допросах отец Иаков отвечал, что антисоветской агитации не вёл и виновным себя не признаёт. 13 февраля тройка НКВД приговорила его к десяти годам лагеря.

Из лагеря сохранились его письма жене и дочери Вере. В них обычная лагерная жизнь: погрузка вагонов и лесопилка, потом лаптежная мастерская с нормой в четыре пары лаптей в сутки, флегмона на ноге, украденные сапоги и хлебный паёк, глухота, которая всё усиливалась. И почти в каждом письме — просьба помолиться, чтобы не впасть в отчаяние. Четыре жалобы в разные инстанции вернулись отказами; в одной из них он написал просто: «Я не преступник!»

Последнее письмо родные получили в августе 1942 года. Во время войны заключённым запретили переписку и почти перестали кормить, а тех, кто не мог выполнить норму, переставали кормить совсем. 19 апреля 1943 года отец Иаков умер в лагере от голода; похоронили его в безвестной могиле. Его старший брат, священник Иоанн Бойков, тоже прославлен в лике священномучеников. Новомучеников-священников принято писать в облачении, с крестом в руке; узнают такой образ по надписанию имени.