В миру его звали Борис Полянский. Родился он в 1901 году в Тирасполе, в семье священника-миссионера. В юности успел увлечься обновленчеством и только в 1924 году принёс в этом покаяние — под влиянием архиепископа Варфоломея (Ремова). Тогда же пришёл в московский Высоко-Петровский монастырь и стал учиться в действовавшей при нём тайной духовной академии.

17 марта 1926 года его постригли с именем Герман — в память Зосимовского старца Германа (Гомзина), духовного отца владыки Варфоломея. Через месяц он стал иеромонахом, в 1932 году — архимандритом. В том же году защитил магистерскую диссертацию; отзыв на неё написал священномученик митрополит Анатолий (Грисюк) и назвал работу высокой для своего времени. Отец Герман возглавил одну из петровских общин, и духовных детей у него было много, в основном молодёжь. Когда община ушла из монастыря в храм преподобного Сергия на Большой Дмитровке, он служил ещё и у святителя Николая в Соломенной Сторожке, и в церкви святителя Митрофания Воронежского в Петровском парке.

В январе 1933 года его арестовали по делу кружка христианской молодёжи, которым он руководил с 1930 года. На допросе он сказал прямо: занимался тем, что готовил церковный актив, ревнителей Церкви. Дали пять лет лагерей, отбывал он их в Мариинском лагере в Западной Сибири. Письма оттуда в Москве разрезали на кусочки — каждому духовному чаду свой. Узнав в заключении о смерти владыки Варфоломея, отец Герман написал памяти его два заупокойных канона. В 1936 году дело пересмотрели, срок добавили и перевели его в Сиблаг.

В лагере он не переставал быть священником: тайно крестил и заступался за заключённых, хорошо понимая, чем это может кончиться. Осенью 1937 года его обвинили в контрреволюционной агитации и приговорили к расстрелу вместе с архиепископом Серафимом (Самойловичем). Расстреляли его 4 ноября 1937 года — в день празднования Казанской иконы Божией Матери.

К лику новомучеников и исповедников Российских он причислен в августе 2000 года. По всем документам он проходил под мирским именем, поэтому сначала был прославлен как священномученик Борис Полянский; позже выяснилось, что священник Борис и архимандрит Герман — один и тот же человек. Преподобномучеников принято писать в монашеском облачении, с крестом в руке — знаком мученичества; имя надписывают рядом с ликом, по нему образ и узнают.