В миру будущего священномученика звали Владимир Алексеевич Смирнов. Он появился на свет 17 января 1891 года в семье псаломщика, в селе Козловка — теперь это Лопатинский район Пензенской области. Учился в Саратовской духовной семинарии, а в 1916 году окончил Казанскую духовную академию со степенью кандидата богословия.

Путь к священству занял у него годы. С 1916-го он преподавал историю и другие предметы в средних учебных заведениях Вольска, потом работал в разных саратовских учреждениях, служил в Красной армии инструктором школьного отдела и политотдела дивизии, был инструктором дошкольного воспитания. Во иерея его рукоположили 4 октября 1921 года. В 1924 году он был осуждён на год, в 1929-м — на три года высылки в Нарым. Освободившись, стал священником в селе Никольском Кузнецкого района, в 1934 году принял монашество с именем Феодор, а весной 1935-го переехал в Пензу.

23 сентября 1935 года состоялась его хиротония во епископа Пензенского. Служил он в Митрофановской церкви Пензы — она стала его кафедральной. Управлять епархией приходилось в условиях, когда системы епархиального управления попросту не было. Владыка посылал в районы священников тихоновского направления, среди них отца Гавриила Архангельского, знакомого ему ещё по семинарии; они искали людей, готовых добиваться открытия храмов, и возвращали приходы, захваченные обновленцами, под власть законного архиерея.

Арестовали его 18 октября 1936 года. Обвинение было составлено по обычному для тех лет шаблону: будто бы он создал из репрессированных контрреволюционную группу, ведущую агитацию за свержение советской власти. На допросах епископ Феодор держался стойко и категорически всё отрицал. 5 февраля 1937 года его, находившегося в заключении, уволили от управления епархией на покой. По одному делу с ним проходили ещё пять человек — священники и псаломщик. В августе 1937 года владыку приговорили к расстрелу как руководителя контрреволюционной организации духовенства. Приговор привели в исполнение в Пензе 4 сентября 1937 года; вместе с владыкой казнили священников Гавриила Архангельского и Василия Смирнова, а также других проходивших по делу.

На Юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви 20 августа 2000 года владыку Феодора и пострадавших с ним пензенских священников причислили к лику новомучеников — для общецерковного почитания.