В миру преподобного звали Иван Игнатьевич Ушаков, и был он из дворян. Родился будущий старец в 1718 году в Ярославской земле, в родовом имении благочестивых родителей. Когда он вырос, его определили на службу в гвардейский Преображенский полк в Петербурге, где за усердие произвели в сержанты.

Перемену в его жизни произвёл один вечер. На шумном собрании гвардейцев, в самый разгар веселья, один из молодых людей внезапно упал замертво. Увидев товарища, умершего без покаяния, двадцатилетний Иоанн понял, чего стоит мирское счастье. Он тайно выехал из столицы, отпустил слугу, переоделся в нищенскую одежду и ушёл в поморские леса. Больше трёх лет он прожил в лесной келье на берегах Двины, кормясь тем, что приносили окрестные жители, а потом, спасаясь от притеснений, перебрался в Площанскую пустынь Орловской губернии и поселился в отдалённой лесной келье.

Паспорта у него не было, и посланная по высочайшему повелению сыскная команда взяла его как беглого. Так он оказался в Петербурге, у императрицы Елизаветы Петровны. За шесть лет он изменился неузнаваемо: сухой и бледный от поста, во власянице, подпоясанный простым ремнём, — но поражала всех не худоба, а печать глубокого смирения. Государыня сказала, что не вменяет ему побега в проступок и жалует прежним чином. Он ответил, что хочет остаться в начатой жизни ради спасения души. Три года он проходил послушнический искус в Александро-Невской лавре, и 13 августа 1748 года тридцатилетнего Иоанна Ушакова постригли с именем Феодор.

В 1757 году он выехал из Петербурга — с ним ушли ученики и ученицы. Учениц старец устроил в Арзамасском Никольском девичьем монастыре, а сам с учениками поселился в Саровской пустыни. Прожив там два года, он решил возобновить обедневшую Санаксарскую обитель на левом берегу Мокши, в трёх верстах от Темникова. Единственная церковь была ветха, кельи и ограда разваливались. Помогали благотворители, знавшие его ещё по лавре. Епископ Тамбовский Пахомий умолял старца принять священство и стать настоятелем; тот отказывался по смирению, но был убеждён и 13 декабря 1762 года рукоположён в иеромонаха.

Настоятелем он был строгим. Богослужение занимало в сутки часов девять, в праздники больше, при всенощном бдении — до двенадцати; читать в церкви он требовал раздельно и неспешно. При этом любой брат мог прийти к нему днём или ночью и открыть свои помыслы, и от старца люди выходили с тишиной на душе. Пища была самая грубая, на общие работы выходили все во главе с настоятелем, а сам он не постился строже устава и ел на братской трапезе наравне со всеми.

По ложному доносу темниковского воеводы старца в 1774 году сослали в Соловецкий монастырь. Вызванный для допросов в Воронеж, он оттуда заехал в Задонский монастырь к жившему там на покое святителю Тихону; три дня они беседовали, а при отъезде святитель провожал его через весь монастырь и низко кланялся вслед. В Соловках отец Феодор прожил девять лет в строгом заключении, страдая от холода и угара — не раз его едва живого выносили из кельи. Братия Санаксара и сёстры общины не оставляли наставника, поддерживая его и прося молитв. По ходатайству митрополита Гавриила и повелению Екатерины II он получил свободу и вернулся в обитель, где и скончался после недолгой болезни в ночь на 19 февраля 1791 года.

Племянник преподобного — адмирал Феодор Ушаков — после отставки жил возле Санаксарского монастыря и был похоронен рядом с дядей. Оба прославлены в лике святых.