Арсений родился в Палестине в семье благочестивых родителей: отец был из Иерусалима, мать — из Вифании. Детей у них долго не было, и, когда после многих молитв родился сын, они решили посвятить его Богу. Мальчика отдали в монастырь, где он получил хорошее образование, а в двенадцать лет принял постриг. Позже он отправился в сирийскую Селевкию, продолжил учение и был рукоположён во пресвитера.

По дороге обратно в Иерусалим корабль захватили пираты. Молодой священник обратился к разбойникам — спокойно и мудро, — и его проповедь привела их к покаянию. Поклонившись святым местам, он отправился в Константинополь, где патриарх поручил ему заботу о церквах. При патриархе Феофилакте его избрали епископом Керкиры; он стал первым из иерархов острова, носившим сан архиепископа.

Во время набега на остров святитель вышел к нападавшим с увещеванием и был захвачен в плен. Растерявшиеся было жители Керкиры, увидев его самопожертвование, собрались с духом и приложили все силы, чтобы его освободить.

Его помнили как человека учёного, щедрого и решительного. Уже стариком он отправился в Константинополь ходатайствовать за свою паству, которой угрожал гнев императора Константина Багрянородного. На обратном пути он заболел и скончался в Коринфе около 953 года. Мощи перевезли на Керкиру и положили в соборе апостолов Петра и Павла; сейчас они находятся в Епископской часовне Керкирской митрополии. Дар исцелений и чудотворений святитель получил ещё при жизни, и его мощи тоже прославились многими чудесами.

Остались после него и книги: канон на елеосвящение, слово в похвалу апостолу Андрею и описание страданий великомученицы Варвары. Святителей на иконах принято писать в архиерейском облачении, с Евангелием в руке и благословляющей десницей; узнают образ по имени и уточнению — Керкирский.