В миру преподобного звали Андреем. Он родился в семье зажиточного земледельца в селе Кехта неподалёку от Северной Двины, получил дома хорошее воспитание, много читал и выучился писать иконы. Оставшись без родителей, Андрей ушёл в Новгород и пять лет прослужил у боярина. Потом женился, но через год овдовел — и решил стать монахом.

Имущество он раздал нищим и странником отправился на реку Кену, в Пахомиеву пустынь. Там преподобный Пахомий постриг его с именем Антоний. Вскоре нового инока рукоположили во иеромонаха, и он с благословения игумена один совершал богослужения, а из кельи выходил только на общие монастырские работы.

Уединения ему хотелось всё сильнее. Взяв двух спутников из братии, Антоний покинул Пахомиеву пустынь и поселился на Михайловом острове: с одной стороны его омывала река Сия, с другой окружали озёра. В 1520 году он поставил там часовню. Расчищать под обитель дремучий лес было тяжело, спутники начали роптать — и тут появился неизвестный человек, который стал привозить им еду и жертвовать деньги на устройство монастыря.

Сийская обитель прославилась, к ней потянулись жители окрестных селений — и преподобный снова ушёл, теперь с одним учеником, на озеро Палунь, где прожил в келье три года. Вернуться его упросила сама братия: игумен Феоктист отказался управлять монастырём. Антоний уступил, снова принял игуменство и вёл обитель до самой кончины в 1556 году, когда ему было семьдесят девять лет.