Алексей Иванович Никольский был сыном священника из села Генино Серпуховского уезда Московской губернии; родился он 10 февраля 1877 года. Отец его, Иоанн Никольский, служил в храме благоверных князей Бориса и Глеба, а позже был переведён в церковь Рождества Богородицы села Льялово. Образование сын получил основательное: Заиконоспасское духовное училище, Вифанская семинария, а в 1902 году — Московская духовная академия. После этого он был рукоположен и служил на приходе.

В 1930 году, в очередную волну гонений, его арестовали по обвинению в контрреволюционной деятельности и приговорили к трём годам ссылки. Вернувшись, он стал служить в храме села Мало-Фоминское Весьегонского района Тверской области.

16 февраля 1938 года отца Алексия арестовали и посадили в тюрьму в Весьегонске. На следующий день допросили двух свидетелей — бригадиров соседних колхозов. Незадолго до того один из них похоронил жену, и оба оказались в церкви; в тот день отпевали ещё двоих стариков. Бригадиры показали, что священник сказал над гробами: старики умерли по-Божьи, они ходили в храм и причастились, а покойница церковь не посещала; и что при новой власти люди стали слабее и умирают чаще, храмы разрушают, а верующих притесняют. Ещё вспомнили, что он отказался отпевать умершего заместителя председателя колхоза, не признававшего Бога.

Отца Алексия допросили в тот же день. Он ответил, что действительно произнёс над тремя гробами короткую проповедь: сказал, что удивлён — раньше редко случалось отпевать сразу троих, — и призвал колхозников покориться воле Божией. Агитации против власти он, по его словам, не вёл. 22 февраля следствие закончили, 6 марта тройка НКВД приговорила священника к расстрелу, и 8 марта 1938 года приговор был исполнен. Погребли его в общей безвестной могиле.

Икону священномученика Алексия Никольского нередко ставят рядом с домашним помянником — он пострадал за слово, сказанное над гробом.