До начала XX века Якобштадтская икона была единственной чудотворной святыней Латвии.

Обрели её во время русско-шведской войны 1654–1667 годов. При переправе через Западную Двину шведский солдат Яков Гудынский подцепил копьём плывшую по реке дощечку. Уже на берегу он увидел, что по древку копья от неё течёт кровь, а на потемневшем дереве проступил лик Божией Матери с Младенцем. Солдат отнёс образ в ближайший православный храм святого Георгия Победоносца — он стоял в слободе Гольмгоф, которая с 1670 года стала городом Якобштадтом, а ныне это Екабпилс. При храме жила небольшая монашеская община. Отдав братии икону, швед принял православие, затем иноческий постриг и остался в обители навсегда.

В 1675 году святыню перенесли в новый Свято-Духовский храм, построенный на средства православного купца Якова Раткевича.

Три с лишним столетия к иконе съезжались паломники. Не раз она защищала город от огня. В 1878 году пожар разгорался стремительно, и остановился он после того, как со святыней обошли крестным ходом вокруг обители. Почитание было всенародным — с 1901 по 1914 год образ ежегодно возили из Екабпилса в Ригу, в Митаву, нынешнюю Елгаву, и в Спасо-Преображенскую пустынь.

В Первую мировую войну чудотворная икона была утрачена.

В 2008 году по благословению Патриарха Алексия II московские иконописцы написали новый список — по сохранившимся описаниям. Перед отправкой в Латвию он находился в Ризоположенском храме Московского Кремля, где его освятили в праздник Положения ризы Пресвятой Богородицы во Влахерне. 19 июля список торжественно встретили в Риге, а 25 июля он вернулся в Свято-Духов мужской монастырь Екабпилса, где и пребывает.

Иконография у нового образа необычная: небольшую икону Божией Матери с Младенцем поддерживают предстоящие архангелы Михаил и Гавриил, а на заднем плане написан Свято-Духов монастырь в его нынешнем виде.

31 июля 2008 года празднование Якобштадтской иконе внесли в православный церковный календарь.