Ильинско-Черниговскую икону написал в 1658 году иконописец Григорий Константинович Дубенский, в монашестве Геннадий. Её история известна необычно хорошо, потому что записывал её очевидец — святитель Димитрий, митрополит Ростовский. Ему принадлежит и книга «Руно орошенное», целиком посвящённая чудесам от этого образа; упоминал о них и митрополит Тобольский, святитель Иоанн (Максимович), — в стихотворном сочинении «Богородице Дево».

Слёзы от иконы истекали восемь дней подряд, с 16 по 24 апреля 1662 года. В память об этом иконе установили день празднования. В том же году на Чернигов было нападение: город и окрестности разорили, досталось и Троице-Ильинскому монастырю, — но, как свидетельствует святитель Димитрий, икона и её драгоценный оклад остались невредимы, а братия, укрывшаяся в подземных пещерах, спаслась.

С XVII века чудеса от образа записывали особенно тщательно. В «Руне орошенном» святитель Димитрий подробно описал двадцать четыре случая исцеления жителей Чернигова и окрестностей — по числу часов в сутках. При переизданиях список пополнялся: к 1696 году в нём было уже пятьдесят шесть исцелений, среди них пять от слепоты, пятнадцать от беснования, четырнадцать от помутнения рассудка, а также случай воскрешения отрока. Записаны исцеления и в XIX веке.

Икона много раз меняла место. До постройки Троицкого собора она стояла в Ильинской церкви при пещерах, потом её переносили в Успенский собор Елецкого монастыря, летом держали в соборе, а на зиму переносили в тёплую церковь Рождества Христова. После закрытия Троице-Ильинского монастыря в 1924 году чудотворный образ исчез. Ныне в Елецком Успенском монастыре в Чернигове почитаются два его списка.

Оклад и киот для иконы сделали в конце XVII века по почину архиепископа Лазаря (Барановича) на средства гетмана Мазепы; корону с драгоценными камнями пожертвовал черниговский полковник Дунин-Борковский, получивший от иконы исцеление в 1687 году. Сама доска невелика — около 93 на 64 сантиметра.

По иконографии это Одигитрия: Младенец сидит на левой руке Богоматери и держит свиток, головы Их чуть склонены друг к другу, ножки плотно сведены, а Сам Он написан в белой рубашечке с воротником. Отличительная черта извода — благословляющая ручка Младенца, протянутая вперёд. На самой иконе корон нет, они появились на окладе, а оттуда перешли на списки: впервые их изобразили на гравюре 1683 года в «Руне орошенном».

Празднование иконе совершается 29 апреля.