Будущего архимандрита звали в крещении Николаем. Он родился 9 мая 1875 года в городе Августове Сувалковской губернии, в семье военного фельдшера. Учился на казённый счёт: окончил Холмское духовное училище, затем семинарию, а в 1901 году — Петербургскую духовную академию со степенью кандидата богословия. Ещё студентом он принял постриг с именем Неофит и был рукоположён сначала в иеродиакона, потом в иеромонаха.

Служение его почти всё было учительским. Он преподавал гомилетику в Холмской семинарии, был назначен в Пекинскую духовную миссию, затем смотрителем Тихвинского духовного училища. В 1905 году стал ректором Самарской семинарии и архимандритом, позже возглавил Волынскую семинарию. Ревизоры отзывались о нём как о подвижнике и аскете, искренне желавшем поднять уровень духовной школы. С 1911 года он работал в Учебном комитете при Синоде и в духовном цензурном комитете в Петербурге.

В 1918 году Патриарх Тихон, знавший его ещё по Холму, позвал архимандрита к себе секретарём. Отец Неофит переехал в Москву и поселился на Троицком подворье, где жил тогда Первосвятитель.

Пятого мая 1922 года, когда против Патриарха возбудили дело, на подворье арестовали всех, и его в том числе. Три дня подряд его допрашивали, надеясь получить показания против Патриарха или склонить к тайному сотрудничеству. Ни того ни другого не вышло. Всех задержанных отпустили — кроме него. Он полгода просидел без допросов и без объявленной вины, писал заявления с просьбой закончить дело, просил вернуть ему Библию и молитвенник и разрешить получить тёплую одежду. В ноябре 1922 года его выслали в Зырянский край на три года. Перед этапом он оказался в одной камере с митрополитом Казанским Кириллом (Смирновым); до Усть-Сысольска они шли вместе, там служили вместе и подружились, а потом долго переписывались.

Вернувшись в 1925 году, архимандрит жил замкнуто и много молился. Церковные события конца двадцатых годов он обдумывал письменно — записывал короткие размышления и давал прочесть немногим знакомым, прося вернуть. Об этих записках узнали, и осенью 1927 года последовал новый арест и новая ссылка, теперь в Сибирь. Потом были годы «минуса», Углич, подмосковная деревня Заболотье, где селились вернувшиеся из ссылок священники и монахи, — и снова арест, в апреле 1935 года. Хозяйка квартиры показала на следствии, что жилец был настоящим затворником и не выходил из комнаты даже тогда, когда в доме служили молебен. Всё это не помешало приговорить его к пяти годам лагеря.

Срок он отбывал в Антибесском лагпункте под Мариинском: был дневальным, работал на общих работах, недолго статистиком в ветеринарной части. Богослужебных книг у заключённых не было, и тексты служб они вспоминали по памяти и записывали в тетрадки. Осенью 1937 года эти тетрадки стали поводом для нового дела. Архимандрита обвинили в «контрреволюционной деятельности»; виновным он себя не признал. Двадцать восьмого октября 1937 года тройка вынесла смертный приговор. Расстреляли отца Неофита 3 ноября 1937 года и погребли в общей безвестной могиле.

Пишут преподобномученика в монашеском одеянии, с крестом в руке; память совершается 3 ноября и в дни соборных памятей новомучеников.