В миру священномученика Амфилохия звали Александр Яковлевич Скворцов. Родился он 17 февраля 1885 года в Казанской губернии — в селе Норваши Цивильского уезда, в семье псаломщика. Детей у отца было одиннадцать, Александр — самый младший. Начальное образование он получил в Чебоксарском духовном училище.

В монастырь он хотел уйти ещё семинаристом, но духовник посоветовал сначала выучиться. Александр поступил в Казанскую духовную академию и уже на первом курсе, 22 марта 1907 года, принял постриг с именем Амфилохий. В 1908 году он стал иеродиаконом, в 1910-м — иеромонахом и кандидатом богословия. Главным его послушанием в академии оказалась наука: он в совершенстве изучил калмыцкий язык и разобрал почти неизвестную тогда историю переводов священных книг на этот язык, работая с рукописями из архивов. Позже его командировали в Монголию изучать тибетский язык и литературу ламаизма — сначала на год, потом командировку продлили ещё на год. В академии он стал доцентом при кафедре истории и обличения ламаизма и монгольского языка. Проповедником он был из лучших: говорить в кафедральном соборе Казани чаще поручали именно ему.

Октябрьский переворот отец Амфилохий воспринял как перелом всей русской истории. Он понимал, что ни учёной, ни миссионерской работы больше не будет, — оставались молитва и личный подвиг. В 1918 году он уехал в Успенский монастырь под Красноярском, потом вместе с пятью монахами основал скит на озере Тиберкуль. Когда красноярский архиерей перешёл в обновленчество и позвал его за собой, отец Амфилохий отказался: обновленческое движение он изучил ещё до революции и относился к нему отрицательно. За это его лишили прихода. Он уходил в тайгу, снова собирал скит, дважды его арестовывали и отпускали за отсутствием улик.

8 марта 1925 года Патриарх Тихон рукоположил его во епископа Красноярского. В споре о том, как поминать за богослужением новую власть, владыка предложил свою формулу — молиться о том, чтобы Господь привёл властей к познанию веры и покаянию. Митрополит Сергий на это не согласился, и епископ был уволен на покой; настоящую причину в прошении писать не стали, сославшись на здоровье, хотя владыка был совершенно здоров. С 1928 года он жил в селе Анжуль в Хакасии, где вокруг него собралась небольшая община из монахинь закрытого Матурского монастыря.

30 апреля 1931 года его арестовали: власти составили заключение, что в селе действует нелегальный монастырь. 16 ноября владыку приговорили к пяти годам лагеря. Он прошёл Мариинск, Осиновское отделение Сиблага, шахты, голодный паёк и холодные бараки. В одном из писем он писал, что в лагере собирают картофельные очистки и рады им. Его поселили с уголовниками — и после его бесед воровство в бараке прекратилось, а некоторые заключённые начали молиться. В 1933 году последовал новый арест, прямо в лагере, и добавка к сроку.

Срок кончился 30 апреля 1937 года, справку об освобождении даже выписали, но на волю его не выпустили. Начальство лагеря прямо записало: освобождать нельзя, иначе снова будет «контрреволюционная деятельность». При обыске у владыки нашли листок с именами для поминовения и дубовые дощечки, из которых он вырезал крестики. Всё его имущество составляли брюки, гимнастёрка, рубаха, полотенце, телогрейка и ремень. Подписать обвинение он отказался, виновным себя не признал. 20 сентября 1937 года тройка вынесла приговор, и 1 октября епископ Амфилохий был расстрелян и погребён в безвестной могиле.