Священномученик Философ Орнатский был сыном сельского священника. Родился он 21 мая 1860 года на погосте Новая Ерга, в Череповецком уезде Новгородской губернии. Учился в Кирилловском духовном училище и Новгородской семинарии, а в 1885 году окончил Санкт-Петербургскую духовную академию со степенью кандидата богословия. Тем же летом он женился на Елене Заозерской, дочери иподиакона Исаакиевского собора, и вскоре принял священство. Первым его местом стал храм при детском приюте принца Ольденбургского, где он до того преподавал Закон Божий.

С 1892 по 1912 год отец Философ настоятельствовал в храме при Экспедиции заготовления государственных бумаг. Двадцать шесть лет он возглавлял Общество распространения религиозно-нравственного просвещения в духе Православной Церкви. В 1893 году его избрали гласным городской думы от духовенства, и полномочия эти он нёс до 1917 года: участвовал в устройстве ночлежных домов, сиротских приютов и богаделен. Его стараниями в столице и окрестностях было построено двенадцать храмов, самый большой из них — Воскресения Христова у Варшавского вокзала.

Семья была большая, десять детей, а жили скромно. Множество должностей, которые он занимал, дохода не приносили; через его руки как председателя строительных комитетов проходили огромные суммы, а на содержание семьи он давал частные уроки. Известен он был и как редактор столичных духовных журналов.

Почти двадцать лет отец Философ был духовным сыном праведного Иоанна Кронштадтского, который часто бывал у него дома и благословлял его начинания. Он дружил со священномучеником митрополитом Вениамином (Казанским), которого ещё студентом привлекал к проповеди среди рабочих, и был близок со святителем Тихоном, будущим Патриархом.

В 1913 году его назначили настоятелем Казанского кафедрального собора. В Первую мировую войну он отдал свою квартиру под лазарет для раненых, а сам с семьёй перебрался в небольшое казённое помещение; сам ездил в районы боевых действий, сопровождая транспорты с продуктами и вещами для солдат. Старший сын Николай, военный врач, служил в 9-й армии; сын Борис, штабс-капитан артиллерийской бригады, воевал на австро-венгерском фронте.

Проповедником он был сильным и в революционные месяцы прямо призывал паству не принимать новых идей. Когда в январе 1918 года в Лавре был убит муж сестры его жены, священномученик протоиерей Пётр Скипетров, отец Философ произнёс на отпевании обличительную проповедь и взялся защищать святыни Александро-Невской лавры: по его почину туда пошли крестные ходы из всех столичных храмов.

9 августа 1918 года его арестовали вместе с двумя старшими сыновьями. Во время ареста он был совершенно спокоен. Прихожане многотысячной толпой шли по Невскому требовать освобождения своего пастыря; делегацию приняли и пообещали выполнить требования, но в ту же ночь священника перевезли в кронштадтскую тюрьму. Около 30 октября 1918 года его вместе с сыновьями и тридцатью другими заключёнными повезли на расстрел. По дороге отец Философ читал вслух отходную над приговорёнными. Место казни точно неизвестно.

В августе 2000 года Юбилейный Архиерейский Собор причислил священномученика Философа и мучеников Бориса и Николая к лику святых для общецерковного почитания. Память — 13 июня, а также 7 февраля и 11 июля, в дни соборных памятей новомучеников. Священномучеников на иконах принято писать в иерейском облачении, с наперсным крестом и крестом мученика в руке.